Cela fait plus de 20 ans que le droit européen a consacré le principe selon lequel des salariés qui sont, par exemple, malades pendant leurs congés payés, ont le droit de récupérer ceux-ci. Cette directive de 2003 a mis très longtemps à être transposée en France, dans le public comme dans le privé. Dans le privé, c’est une jurisprudence de la Cour de cassation, en septembre dernier, qui a fait office de transposition. Dans le public, le gouvernement avait pris les devants en signant, en juin 2025, un décret permettant « le report et l’indemnisation des droits à congés annuels dans la fonction publique »  (lire Maire info du 15 septembre 2025). 

Le dispositif prévu par le décret de 2025

Concrètement, il y est inscrit que lorsqu’un agent (quel que soit son statut) ne peut exercer son congé payé « pour raison de santé, accident de service ou de travail, maladie professionnelle ou d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales », il peut désormais bénéficier d’un report de ces congés dans les 15 mois qui suivent (au-delà, ces congés sont perdus, sauf « décision exceptionnelle »  du chef de service). Dans le cas où un agent n’a pas pu bénéficier de ce dispositif, il a droit à une indemnité compensatrice « en fin de relation de travail », c’est-à-dire quand il quitte la fonction publique pour cause de retraite ou de démission. Cette indemnité est égale à environ 100 euros par jour de congé non pris, pour un agent payé 2 000 euros brut. 

Deux lacunes

C’est sur ce décret du 21 juin 2025 que le Conseil d’État vient de rendre un avis … qui annule purement et simplement les dispositions prévues pour les fonctionnaires territoriaux.

La rédaction de ce décret, indique le Conseil d’État, souffre en effet de deux manques importants. 

Premièrement, le décret n’indique pas que l’extinction des droits à récupération des congés non pris, au bout de 15 mois, doit être notifiée aux agents. Les employeurs doivent obligatoirement « informer les agents »  sur le nombre de jours non pris qu’ils peuvent récupérer et sur « la date jusqu’à laquelle ces jours de congés peuvent être pris ». Ce que sous-entend cet argument du Conseil d’État, selon le syndicat FA-Territoriale, c’est que « désormais, l’absence d’information pourrait empêcher l’extinction automatique de ces droits ». 

Deuxième lacune dans le texte, constatée par le Conseil d’État : la liste des événements pouvant donner droit à récupération (maladie, congé parental…) ne contient pas l’empêchement pour « nécessité de service ». Autrement dit, tel que le décret est rédigé, si un agent se voit refuser ses congés pour cause de nécessité de service et qu’il n’a pas pu les prendre dans l’année… il ne bénéficie pas du droit au report de ceux-ci. Pas d’accord, dit le Conseil d’État, dont la décision implique que dans ce cas, l’employeur devra permettre à l’agent de bénéficier d’une autre période de congé, y compris au-delà de l’année civile.

Autrement dit, comme le résume le syndicat FA-Territoriale : « Cette décision du Conseil d’État constitue un rappel utile : lorsqu’un agent n’a pas pu exercer ses droits, ce n’est pas à lui d’en supporter les conséquences. » 

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