Rémunération des congés maladie à 90 % : quelles conséquences sur le traitement indiciaire et les primes ?
Par Franck Lemarc

En loi de finances pour 2025, le Parlement a acté la baisse de 10 % de la rémunération des agents publics durant les trois premiers mois de leur congé maladie ordinaire (ce que l’on appelle le taux de remplacement). Jusqu’à présent, les agents touchaient un traitement plein ; depuis le 1er mars, ils ne toucheront plus que 90 % de ce traitement. Par un décret du 27 février, cette disposition relative aux fonctionnaires a été étendue aux agents contractuels.
Impact sur les primes
L’article 189 de la loi de finances pour 2025, qui codifie cette nouvelle disposition, est assez succinct : il se contente de modifier l’article L822-3 du Code général de fonction publique, qui indiquait auparavant que « le fonctionnaire en congé de maladie perçoit pendant trois mois l’intégralité de son traitement ». « L’intégralité » a été remplacé par « 90 % ».
Mais ce changement implique en cascade un certain nombre de conséquences : en effet, du montant du traitement dépendent d’autres éléments de rémunération. C’est le cas de la nouvelle bonification indiciaire (NBI), du complément de traitement indiciaire, du dispositif transfert primes/points ou encore de l’indemnité compensatrice de la hausse de la CSG.
L’AMF a donc interrogé la DGCL pour savoir si ces différents éléments de rémunération devaient, eux aussi, être diminués de 10 %. La DGCL a répondu hier, et elle a confirmé que l’ensemble de ces éléments, dans la mesure où ils sont calculés en pourcentage du traitement, « seront impactés par la réduction du traitement ».
Le raisonnement est le même pour les primes calculées, elles aussi, en pourcentage du traitement. C’est le cas de l’indemnité spéciale de fonction et d’engagement (ISFE) des policiers municipaux ou de la prime de responsabilité des emplois administratifs de direction, de la prime « grand âge » ou de l’indemnité « cherté de la vie » en outre-mer. Là encore, la DGCL a confirmé l’impact de la réduction du traitement sur ces primes – ajoutant au passage deux autres primes, elles aussi touchées par cette disposition : la prime d’attractivité pour les professeurs et assistants territoriaux d'enseignement artistique et la prime de revalorisation des médecins coordonnateurs.
Rifseep
L’AMF a également demandé à la DGCL son avis sur une question très technique, mais importante : elle concerne le Rifseep (régime indemnitaire tenant compte des fonctions, des sujétions, de l'expertise et de l'engagement professionnel). Rappelons que le Rifseep est composé de deux parts : l’IFSE (indemnité de fonctions, de sujétion et d’engagement) et, éventuellement, un complément indemnitaire annuel (CIA).
Les collectivités territoriales peuvent prendre une délibération permettant aux agents absents pour indisponibilité physique de continuer à bénéficier du maintien à 100 % de la part IFSE du Rifseep, pendant les trois premiers mois du congé de maladie ordinaire. L’AMF a demandé à la DGCL si ces délibérations devaient être modifiées.
La DGCL a confirmé l’analyse de l’AMF : en vertu d’une décision bien connue du Conseil d’État du 4 juillet 2024, il est établi que ces délibérations ne peuvent prévoir des conditions plus favorables à celles en vigueur dans la fonction publique de l’État (principe de parité).
Or dans la fonction publique de l’État, le régime indemnitaire en congé maladie ordinaire doit être maintenu dans les mêmes proportions que le traitement. Conclusion de la DGCL : « Les délibérations maintenant une part d'IFSE du Rifseep à 100 % du régime indemnitaire pendant les trois premiers mois du CMO devront être modifiées afin que cette part soit maintenue à hauteur de 90 % au maximum. »
Dernier élément important à connaître : ces mesures ne s'appliquent qu'aux arrêts de travail intervenus à partir du 1er mars. Autrement dit, les arrêts « à cheval » entre février et mars ne sont pas concernés. En revanche, rappelle l'AMF, « tout envoi d’un nouvel arrêt de travail constitue un nouveau congé maladie ordinaire, même s’il prolonge une période précédente de CMO, et fait donc l’objet d’une baisse de rémunération à compter du 1er mars 2025 ».
La DGCL annonce qu’elle va « prochainement » publier une note sur l’application de ces dispositions dans la fonction publique territoriale, ce qui ne sera certainement pas superflu.
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